Reacțiile adverse frecvente ale rifaximinei, conform prospectului Normix, sunt amețelile, durerile de cap, tulburările digestive și febra; prospectul le încadrează la „1 din 10-100 persoane".
În categoria frecventă intră, pe lângă amețeli și dureri de cap, durerile abdominale, constipația, senzația de urgență a evacuării scaunului, diareea, balonarea, distensia abdominală, greața și vărsăturile, contracțiile rectale (tenesme) și febra. Prospectul nu trece nicio reacție la „foarte frecvente". La „mai puțin frecvente", la „1 din 100-1.000 persoane", lista este lungă: afte și herpes, infecții ale nasului și gâtului, modificări ale formulei sângelui, scăderea poftei de mâncare, insomnie și vise anormale, somnolență, vedere dublă, vertij, palpitații, creșterea tensiunii arteriale, sânge în scaun, creșterea enzimei hepatice AST, erupții pe piele și sânge sau zahăr în urină.
Cu frecvență necunoscută, prospectul trece reacții care cer atenție: infecții cu C. difficile, scăderea trombocitelor, valori anormale ale INR și ale testelor hepatice, reacții anafilactice și alte reacții alergice, urticarie, leșin. Pentru că rifaximina poate da amețeală, vedere dublă sau somnolență, prospectul spune că persoanele care le resimt nu ar trebui să conducă sau să folosească utilaje.